飘零中慢慢确定了中央政府的权威。后来马士英不顾朝命，带兵入南京，又劝史可法离京，为避争斗，史可法主动离开中央，这正是南明失败的开始。做为一个没有实力的文官，完全凭权威和大义说服内斗的江南黄得功和刘泽清，使得刘泽清后来抗清力战而死，这完全是史可法的个人魄力和能力所致。
对史可法的指责还有李天根认为史可法在拥立福王为帝一事上未能坚持原则，一争到底。其可有重于选君择相事乎？或曰：不可，然其已屈服。或曰：可，然其已从之。张岱认为南明军事上的失败史可法负有责任，江淮是为南北要道也，虽其殉难何以当之？拥立福王，实非史可法之本意，但在当时是否有第二种选择呢？十七年四月朔，闻贼犯阙。。。。会南都以立君，张慎言、吕大器、姜曰广等曰，福王由崧，神宗孙也，伦序当立，而有可不可：贪，Yin、酗酒、不孝、虐下、不读书，干涉有司也。。。。可法亦以为然。从这段话看来，是李天根所言之不可立福王，在当时的情况下，史可法是绝对不会同意立福王的，然而事情突然有了大的转变，凤阳总督马士英。。。。已与黄得功、刘良佐、刘泽清、高杰等发兵送福王至仪真。上述四人，就是拥兵数十万不听节制的江北四镇将领，弘光朝的最主要军事力量，在他们以强大军事力量及先发制人的情况下，于是有了可法等迎王，这就是李天根所言然其已屈服，诚然，是屈服了，不过不屈服又怎么办？先内战，然后迎立潞王，不过问题是，打的过吗？任何有责任心的政治家，在那种情况下，只好先把局势稳定下来，把军人稳住，史可法的选择是无奈之举，也是必需的。至于江准是为南北要道也，虽其殉难何以当之？，这就是属于站着说话不腰疼了，在左良玉围攻南京后，黄得功被抽去攻打左良玉，而二刘根本无意抵抗清军，望风而逃不受指挥，只有高杰在史可法的感召下，奋力抵抗，在其被叛将杀害后，这支军队也根本没有了战斗力，史可法根本就是个光杆司令，责备他，有什么用呢？
史可法离开南京去扬州，也很受人非议，有人说他远
